Laborationsdagar 3 och 4

Efter dag 3 och 4 har både southern blot och PCR utförts, båda metoderna utfördes för att konfirmera existensen av genen LL37 i plasmiden som användes i laborationen. Som nämnt i tidigare inlägg så fungerade inte elektroforesen av PCR-amplifikatet så det tillsattes till elektroforesen som gjordes för southern blot.
När man gör en PCR och söker efter en specifik sekvens så måste man veta hur många baspar denna sekvens har, annars är det går det inte att säga om den finns eller ej.
Southern blot där emot behöver man inte veta detta utan "bara" ha genen vid sidan av så man kan tillverka prober som sedan visar var på gelen/membranet genen finns.
Eftersom produkten amplifieras under PCRen så ger PCR ett väldigt precist svar, men det gör också att risken för felaktigt svar ökar då det finns risk för "carry over" kontamination. 

Resultat efter elektrofores samt southern blot, på membranet (höger i bild) syns brunn 2,4 och 6 Dvs den oklyvdaplasmiden, den klyvda plasmiden(0,5 micro g) och PCR produkten. Ett förväntat bra resultat. (notera att brunn 1 och 2 har bytt plats jämfört med den ritade bilden, se pilar)

Southern blot är men metod som tar lång tid att utföra, men gav ett bättre resultat än PCRen i denna laboration, efter en southern blot syns endast de produkter som innehåller genen som den anpassades för. När PCR produkten tillsattes till southern blot så fås förståelse för hur mycket produkten ampifieras. Något som inte skulle ha erhållits om PCRen hade fungerat från början:)


Efter laborationens slut ombads vi studenter att fundera på vad vi hade lärt oss, och det jag tycker att jag har lärt mig som jag tror att jag kommer ha nytta av i framtiden är att planera långa och komplicerade laborationer, något som vi inte har övat så mycket på tidigare. Då har det nästan varit färdig uppdukat med lösningar och reagenser. Detta innefattar även tids planering förståelse för hur lång tid saker tar och göra dem i rätt ordning, utnyttja tiden på bästa möjliga sätt.
Jag tycker att laborationen har varit rolig och intressant speciellt roligt var det att få friare tyglar och sköta sig själv mer:)